Penemu nama Indonesia pertama adalah James Richardson Logan dan George Samuel Windson Earl. Nama Indonesia diusulkan pertama kali oleh Earl dalam jurnal karangannya yang berjudul "Journal of The Indian Archipelago and Eastern Asia" volume IV tahun 1850.
Namun sebelum memberikan nama Indonesia, Earl sempat memilih nama Malayaunesia yang karena kebanyakan orang Indonesia merupakan ras Melayu. Logan lebih memilih nama Indunesia karena nama itu lebih cocok untuk Indian Island atau Indian Archipelago. Hingga akhirnya nama Indunesia dipilih, tapi huruf "U" diubah jadi "O" sehingga jadi Indonesia.
Nama Indonesia berasal dari bahasa Yunani , yakni "Indo" dan "Nesie" yang artinya kepulauan Hindia. Sementara nama Nusantara berasal dari bahasa Jawa Kuno, nusa artinya pulau dan antara berarti berhubungan. Jika disatukan Nusantara berarti rangkaian pulau-pulau. Julukan tersebut diberikan karena Indonesia memang terdiri dari pulau-pulau yang terpisah oleh lautan.